Η ομάδα ταξιδεύει στη Νορβηγία για να ερευνήσει ένα θαλάσσιο τέρας που επιτίθεται σε πλοία, το οποίο θυμίζει αρχαία τεχνολογία της Ατλαντίδας.
Μετά την επική ανακάλυψη της χαμένης ηπείρου, ο Μάιλο και η Κίντα επιστρέφουν στις οθόνες μας με τη συνέχεια της αγαπημένης ιστορίας της Disney. Στο «Η Χαμένη Ατλαντίδα: Η Επιστροφή του Μάιλο» , η δράση μεταφέρεται από τα βάθη του ωκεαανού στην επιφάνεια, καθώς η ομάδα του Whitmore επανενώνεται για να αντιμετωπίσει νέες, μυστηριώδεις απειλές.
Η τελική αναμέτρηση λαμβάνει χώρα στην Ισλανδία, όπου ένας παλιός γνώριμος κλέβει ένα πανίσχυρο δόρυ της Ατλαντίδας, πιστεύοντας πως είναι ο θεός Όντιν.
Η ταινία ακολουθεί τρεις διαφορετικές αλλά συνδεδεμένες περιπέτειες: